Em 22 de dezembro de 1672, o governador-geral do Brasil, Afonso Furtado de Castro do Rio de Mendonça, Visconde de Barbacena, deferindo requerimento ao desembargador e ouvidor-geral do Brasil, Cristóvão de Burgos de Cantareira, e outros, no território destas sesmarias, além de outros, se formou o Sítio de Burgos.

As Sesmarias concedidas por herdeiros foi vendida a Manuel da Cruz Vilela, que depois se casou com D. Maria Pereira Gonçalves. Do casal, nasceram quatro filhos, João Pereira Vilela, Tenente José Pereira da Cruz Vilela, Dr. Francisco da Cruz Vilela e Antonio Anselmo da Cruz Vilela.

As terras onde hoje se situa o município de São João eram originalmente pertencentes à fazenda Burgos, de Manuel da Cruz Vilela. Os dados sobre esta fazenda são imprecisos. Em 1855, São João figura como distrito de Garanhuns. O povoamento foi intensificado com a inauguração da Estrada de Ferro Sul Pernambuco em 1887. A emancipação política ocorreu em 25 de novembro de 1958, pela lei estadual lei nº 3.280. A instalação do município só viria a ocorrer em 1962.

Naquelas terras formou-se o Sítio São João, o qual mais tarde tornou-se um povoado que conforme ata de 23 de janeiro de 1883, da Câmara de Vereadores de Garanhuns, tornou-se sede de um distrito. O referido povoado teve o seu desenvolvimento incrementado pela Estrada de Ferro que atingiu em 1885.

No ano de 1958, por projeto apresentado e deferido pelo deputado estadual Elpídio de Noronha Branco, a Assembleia Estadual de Pernambuco, por lei sancionada, o elevou a categoria de cidade, desmembrando o território do seu distrito o município de Garanhuns para com ele compor o seu próprio município.

O topônimo do povoado origina-se de uma capela dedicada a São João. Os habitantes se chamam são-joanenses. O município se estende por 258,3 km² e contava com 22 793 habitantes no último censo. A densidade demográfica é de 88,2 habitantes por km² no território do município. Vizinho dos municípios de Angelim, Calçado e Garanhuns,São João se situa a 15 km a Norte-Leste de Garanhuns a maior cidade nos arredores. Situado a 710 metros de altitude, de São João tem as seguintes coordenadas geográficas: Latitude: 8° 52' 23'' Sul, Longitude: 36° 21' 47'' Oeste.